Cribado y guías de consenso de ADTKD-MUC1
Recomendaciones de consenso, parámetros de calidad y vías de decisión de cribado para la detección de mutaciones del VNTR de MUC1 en la enfermedad renal crónica (ADTKD-Net).
Descripción general y etiología genética
La nefropatía tubulointersticial autosómica dominante (ADTKD-MUC1, ORPHA:65289) conduce a una insuficiencia renal progresiva con sedimento urinario anodino, proteinuria mínima y ecografía renal sin hallazgos relevantes en las fases iniciales. Las personas afectadas suelen presentar hiperuricemia precoz y gota, y alcanzan la enfermedad renal terminal (ERT) entre los 30 y los 70 años.
El mecanismo patogénico es un desplazamiento del marco de lectura +1 en el número variable de repeticiones en tándem (VNTR) de 60 pb, rico en GC (~82 %), del exón 2 de MUC1. La neoproteína resultante, MUC1-fs, se acumula intracelularmente en las células tubulares renales y desencadena estrés proteotóxico crónico y fibrosis tubulointersticial. Aunque la variante canónica 59dupC explica ~84 % de los casos, el cribado internacional de ADTKD-Net identificó que ~16 % de los pacientes confirmados son portadores de desplazamientos del marco de lectura no canónicos (no dupC) a lo largo de la repetición. Estas variantes son invisibles para la minisecuenciación dirigida a 59dupC (SNaPshot) y para los flujos estándar de alineamiento de NGS.
Vías clínicas y de cribado de consenso
El consorcio europeo ADTKD-Net estableció dos vías clínicas que integran el genotipado computacional de lecturas cortas (VNtyper 2) en la práctica clínica. En ambas, VNtyper 2 puede utilizarse como paso de cribado para uso en investigación dentro del diagnóstico de MUC1; no sustituye a la prueba genética acreditada de MUC1:
Cribado secundario en la ERC de causa no filiada (CKDx)
Los pacientes sometidos a secuenciación diagnóstica de exoma, genoma o panel por una ERC de causa no filiada pueden cribarse computacionalmente con VNtyper 2 a partir de los alineamientos BAM/CRAM existentes, sin coste adicional de laboratorio experimental.
Evaluación dirigida ante alta sospecha
En pacientes con enfermedad tubulointersticial familiar dominante o fibrosis intersticial demostrada por biopsia, la secuenciación de exoma o de panel con VNtyper 2 constituye el paso computacional inicial. Si el resultado es negativo pese a una fuerte sospecha clínica, debe realizarse a continuación una prueba ortogonal específica (secuenciación de lecturas largas o SNaPshot).
Niveles de interpretación y actuación clínica
| Nivel de interpretación | Criterios de cribado | Actuación recomendada |
|---|---|---|
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Alta precisión Informable |
Algoritmos de identificación de variantes concordantes (Kestrel y adVNTR), puntuación alta de soporte de k-meros alternativos y cobertura media del VNTR ≥100× (≤50 % de posiciones sin cobertura). | Respalda la emisión del informe diagnóstico conforme al protocolo de un laboratorio acreditado. La confirmación ortogonal es opcional; se recomienda para el asesoramiento reproductivo o la evaluación de donantes vivos de riñón. |
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Incierto Requiere confirmación |
Puntuación de baja precisión (LP), discordancia entre algoritmos o cobertura regional <100×. | Resultado no concluyente. Confirmación ortogonal obligatoria (preferiblemente secuenciación de lecturas largas) antes de emitir el informe clínico. |
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Negativo Depende del contexto |
Ausencia de k-meros con desplazamiento del marco de lectura y de inserción respaldada por HMM. | Si la profundidad media es ≥100×, la ADTKD-MUC1 se excluye con un alto grado de confianza. Si la sospecha familiar o clínica sigue siendo alta, realice una prueba ortogonal de lecturas largas o SNaPshot. |
Comparación de las modalidades de análisis
| Modalidad | Espectro de variantes | Muestra de partida | Plazo de respuesta | Función y consideraciones |
|---|---|---|---|---|
| VNtyper 2 Online | 59dupC + no dupC (~100 %) | NGS de lecturas cortas (BAM, CRAM, FASTQ) | <3 minutos | Cribado computacional de primera línea; sin coste de laboratorio experimental; depende de la cobertura del kit de captura. |
| Minisecuenciación SNaPshot | Solo 59dupC canónica (~84 %) | ADN genómico (sangre/saliva) | 1–2 semanas | Confirmación dirigida establecida para 59dupC; intrínsecamente ciega al ~16 % de variantes no dupC. |
| Lecturas largas (PacBio / ONT) | Todas las variantes + longitud completa del VNTR | ADN genómico de alto peso molecular | 2–4 semanas | Patrón de referencia definitivo; resuelve los alelos complejos no dupC y la estructura de la repetición. |
| Tinción de MUC1-fs | Neoproteína intracelular | Biopsia renal o células urinarias | 1–3 días | Confirmación fenotípica cuando no se dispone de ADN o los hallazgos genéticos son discordantes. |
Calidad de secuenciación y recomendaciones de captura de exoma
La exactitud de la detección en el VNTR rico en GC depende del diseño de la preparación de la genoteca y de la profundidad de secuenciación:
- Twist Exome v2 e IDT xGen Exome v1/v2 (recomendados): El solapamiento de sondas a lo largo de la repetición del VNTR proporciona una identificación estable hasta una cobertura regional de ~80×.
- Agilent SureSelect v8 (precaución): No incluye sondas para la repetición; los resultados negativos con este diseño no son informativos.
- Umbrales de calidad: La interpretación diagnóstica requiere una profundidad regional media del VNTR ≥100× y ≤50 % de posiciones sin cobertura.
Centros de análisis acreditados y laboratorios de ADTKD-Net
| Institución | Ubicación | Capacidades de análisis y cribado | Enlace de referencia |
|---|---|---|---|
| Institut Imagine | París, Francia | Flujo de lecturas cortas con VNtyper, paneles génicos dirigidos, WES | institutimagine.org |
| Labor Berlin – Charité Vivantes | Berlín, Alemania | Cribado con lecturas cortas, informes diagnósticos acreditados | laborberlin.com |
| Institute of Human Genetics Erlangen | Erlangen, Alemania | NGS de lecturas cortas de Illumina, tinción de MUC1-fs en biopsia | uk-erlangen.de |
| Charles University Rare Disease Unit | Praga, República Checa | Secuenciación de lecturas largas PacBio, SNaPshot, inmunofluorescencia de células urinarias | cuni.cz |
| Wake Forest University School of Medicine | Winston-Salem, Carolina del Norte, EE. UU. | Minisecuenciación SNaPshot, registro internacional de ADTKD | wakehealth.edu |
Asociaciones de pacientes y registros
- ADTKD-Selbsthilfe e.V.: Asociación alemana de pacientes que ofrece orientación y recursos educativos (adtkd.de).
- Registro de ADTKD de ERKNet: Registro internacional de pacientes de la Red Europea de Referencia para Enfermedades Renales Raras (erknet.org).
Cribar alineamientos en línea
Analice datos de secuenciación de lecturas cortas directamente en su navegador web. La extracción de la región diana se ejecuta en el lado del cliente mediante WebAssembly, sin cargar los archivos brutos de secuenciación.